青岛市交通运输局灵活把控、分类管理，下明确职责分工，细化工作流程。成立由驻地政府牵头，由公安、交通、卫生防疫、海事、水路客运企业和住岛村委会组成的防控领导小组，交通部门会同海事督导企业做好防控工作。
对旅客实施实名制购票并进行上下船隔离。船舶设置隔离区，用于疑似病例隔离，发现疑似病例立即报告卫生防疫部门转送指定防疫医院。市交通运输局及时建立陆岛交通海上旅游微信工作群，每日线上调度陆岛交通疫情防控工作情况，线下会同交通航政执法大队对海上旅游客运企业、轮渡公司进行巡查。目前，海上旅游企业继续停航，未发现营业船舶。
实行严格进出岛登记，积极配合由驻地政府、住岛村委会对出入岛人员进行严格登记管理。对出入岛人员及体温检测情况进行登记，由住岛村委会识别非本村村民、登记本村出入人员，确保“只出不进”，非岛居民一律不得进岛。
千讯咨询发布的《中国水市场前景调查分析报告》显示，水路客运企业按照交通运输系统防疫流程，认真落实消杀措施，对客运站、船舶进行每班消杀，组织专人用“84消毒液”对客运船舶的舱室、通道、人员活动区域进行专业消杀和全面清洁消毒，认真做好船舶通风、内部消毒和船员防护，保持舱内卫生整洁。要求乘客佩戴外科口罩，安排专人手持红外线快速测温仪，对乘客进行测量体温并做好记录。