在这次撤站过程中，各地客车通行费收费标准没有调整，变化的是费额取整规则和按照实际通行路线实现精准收费。此次货车收费调整为由计重收费改为按车型收费，各个省份要重新核定货车收费标准。
交通运输部要求，各地要科学合理核定本地本区域的收费标准，要确保在相同交通量条件下，千讯咨询发布的《中国车市场前景调查分析报告》显示，不增加货车通行费总体负担，确保每一类收费车型在标准装载状态下的应交通行费额均不大于原计重收费的应交通行费额，实现新的收费标准对应吨位比满载吨位至少降低10%。各地按照这个要求，通过法定定价的程序，制定了相关收费标准。
组织各地在1月前全面公布货车收费标准，接受社会监督。详细的收费标准挂在政府和交通部门的网站上。通过网络可查询29个省份的通行费标准。各省同时也对收费标准作了解读。撤站并网运行后，有部分地区出现了高速入口拥堵和收费畸高的情况。
新的收费系统自今年1月1日零时切换以来，存在着少数省份或者部分收费站系统运行不稳定的情况，也出现了进出口车道收费的速度慢，CPC卡识别慢、CPC卡不识别，费用计算异常等情况。