新机场首期建设的4条跑道（跑道项目可行性研究报告）采用“三纵一横”全向构型，即西1、西2、东跑道和北跑道，这在国内尚属首次。目前首都机场航班延误的情况比较多，通过新机场的建设，将对首都机场有一个很好的资源补充。新机场跑道设计为全向型跑道类型，也就是说除了常见的平行跑道之外，北京新机场将建设一条垂直型跑道。
北京新机场位于北京的南部，同时北京位于整个中国区域的偏北，从目前首都机场的航班情况来看，有70%的航班是向南飞。新机场提供侧向跑道，将为向南飞行的飞机在风向不利的情况下，能够快速地穿越，使空中飞行的时间比预计的时间能够更短一些。
目前大型机场常见航班关舱门之后在跑道滑行很长时间，航班在地面消耗了时间，那么通过新机场这种新型的跑道设计，能够使飞机在空中缩短时间，减缓航班延误。