厦金航线方面，五通码头已恢复运营，不过，受码头设备维修影响，即日起至9月23日，厦金航线五通码头将由之前每天的进出港各18班航班缩减到进出港各10班。同时，厦漳、翔安大小嶝航线也于昨日复航。另外，厦门港货运运输基本恢复常态。
轮渡方面，因鼓浪屿景区正在修复，厦门轮渡有限公司继续暂停9月18日相关旅游（旅游项目可行性研究报告）客运航线运营。9月18日之后旅游客运航线的停复航情况，目前暂未确定，将另行通知。
厦门机场计划执行航班超过500个，受大雨影响，超过100个出港航班延误，尤其是傍晚降雨最大时，个别航班延误时间达到2小时左右。不过，各航空公司均通宵加班执行航班，全力保障旅客出行顺利。厦航介绍，受2016年第16号强台风“马勒卡”影响，厦航执行的台湾地区航线航班全部取消，相关航班将恢复执行。