1）客车通风系统设计不当。目前很多空调客车（中国空调客车市场调查研究报告）通风量各不相同，风量较大的空调客车造成微风速超标，而风量小的制冷效果又不好，达不到车厢内的温、湿度要求。这些都影响了旅客的舒适性，并造成了不必要的能量浪费。
2）客车室内温、湿度控制不当。车厢内温、湿度控制不当是旅客抱怨较多的一个问题。在很多空调客车的运行过程中，白天和夜晚的送风量基本保持不变，造成旅客夜间普遍反映较冷而不能休息。这种情况是由于空调系统供冷量与室外气候的变化和车厢内热、湿负荷的变化不相适应造成的。
3）新风量不足。新风量不足直接导致了旅客对室内空气品质（IAQ）的不满意。很多长期乘坐空调客车的旅客反映经常会感到头晕、气闷、喉咙干燥等不良症状。这些大都是由于车厢内空气品质较差而引起的。究其原因，是因为车厢内新风量不足。这与客车空调的系统设计及运行管理有关。
4）空调系统能耗大。目前使用的单元式空调机组的耗电量很大。以编组18辆全列空调客车为例，其中硬座7辆，软卧1辆，其余为硬卧。空调发电车平均发电量700kW，空调耗电几乎占总发电量的50%，单机能效比只有2.0左右。因此每列客车均配有专门的空调发电车以满足空调系统运行所需要的电力，空调发电车油耗高直接导致运营的经济效益下降。
5）氟里昂制冷剂的禁用问题。氟里昂蒸汽压缩机组的客车空调装置中。但该系统存在着致命的弱点，即它所采用的工质氟里昂危害大气中的臭氧层，是一种受环保限制的工质。此外，氟里昂价格较高，在客车空调运行和检修过程中氟里昂的泄漏使得客车运行和维护成本增加。因此，这种制冷装置的工质替代和换型是大势所趋。