由于航运污染监管和治理能力都明显不足，且环保产品供给不足，绿色（绿色项目可行性研究报告）航运的体系建设滞后。首先，控污法律空白，责任主体不明。交通运输部近期出台《珠三角、长三角、环渤海（京津冀）水域船舶排放控制区实施方案》，但涉及燃油供应、水上交通管理、港口和船舶配合等相关主体的责任并未明确和理顺。
内河航运尾气、污水和垃圾的排放，虽有部门明确规定，但由于没有严格法律规定，实际操作中，不少区域对进江的船舶和码头的防污染设施建设，没有强制要求。如长江江苏段适用内河法律体系，长江上海段适用海上法律，结果导致江苏船舶污染物排放标准低于黄浦江。
其次，应急保障滞后，精准监管不济。全国政协委员、中国潜水打捞行业协会理事长宋家慧说，内河船舶企业经济实力较差，污染事故处置和环境修复等，严重依赖地方政府。近几年，长江沿岸做了大量应急能力建设，如江苏段建了4个国家溢油设备储备库，配备了一些设备，但能力建设远不够。
多头管理的长江航道治理和航运管理跟不上迅猛发展的航运业，构建以船舶管理为核心、打造废气、污水及漏油突发风险的全流程精准管控体系任重道远。再次，环保产品不足，部门间缺协同。江苏太仓供电公司总经理蒋永平说，太仓港虽有高压岸电项目送电成功，但和船舶联调还未正式开始，尤其是等不到中上游装载高压岸电的船靠岸。