《2014年北京市收费公路统计公报》显示，北京市收费公路通行费收入为69.9亿元，支出总额为150.5亿元。收支平稳结果为负80.6亿元，即收支缺口为80.6亿元。关于高速公路亏损的质疑由来已久，那么收费公路为什么会亏损？下面一起来了解一下。
按照《2013年全国收费公路统计公报》，收费公路建设七成都是靠银行贷款。简单来说，每收取10元的通行费，有8.62元用于偿还债务本息，1.07元用于公路养护，0.59元用于税费支出，1.25元用于运营治理，其他支出0.29元，整体收支平稳结果为负1.82元。在还债的8.62元中，有4.67元是偿还利息，有3.95元是偿还本金。
收费公路减免通行费让其收支情况雪上加霜。2013年度，全国收费公路共减免车辆通行费428亿元。2014年度，北京收费公路共减免车辆通行费9.0亿元；广东省收费公路共减免车辆通行费42.5亿元，其中节假日免小客车通行费18.8亿元。
收费公路的暴利收入和巨额亏损的矛盾暴露出“贷款修路、收费还贷”模式的弊端。部分收费年限到期的高速路连续收费或将成为常态，理由则多为“贷款没还清，还有巨额的养护费”。专家曾估算称，全国高速公路一年收费在4000亿元以上，利润超过金融、房产行业。然而多数高速公路似乎每年都会“哭穷”，最终这些亏损则多以收取过路费的形式让一般百姓埋单。
许多高速公路，其实早就还清了贷款。以广深高速为例，起初投资114亿元，截至2012年已累计收费超过410亿元。类似收费数额远远超过投资金额的个案在国内比比皆是，但由于各地一般实行“统贷统还”的办法（即一条公路没有还清贷款，其他公路都连续收费），将还贷公路收取的部分通行费用于其他收费公路项目建设，这就导致了高速公路还贷越还越多的怪现状。
事实上，审计署多次对收费公路项目审计显示，高速公路收取车辆通行费被挤占挪用、违规减免、大量用于工资、福利支出、闲置滞留等问题十分突出，也就是说，各地高速公路每年收上去的钱，只有一部分用于还贷，其他大量用于养人和利益输送。收费公司的高额福利，人浮于事、超编严峻，都屡被曝光。
根据现行《收费公路治理条例》，政府还贷公路的收费期限最长不得超过15年，经营性公路的收费期限最长不得超过25年。这一规定没有附加任何前提条件，没有设置任何例外情形。如果批准的收费期限达到条例规定的最长期限，期满后，不管是否还清贷款都不能再收了，应由政府承担相关费用，这么规定的目的就是为了防止地方建设冲动。