据浙江省交通运输厅发布消息，2013年12月，湖州港完成集装箱（集装箱项目可行性研究报告）吞吐量10063标箱，单月吞吐量首次突破1万标箱，同比增加43.7%。
2013年全年湖州港共完成集装箱吞吐量86524标箱，货重34.26万吨，同比分别增长82.6%、78.3%。其中：出港42062标箱，货重12.2万吨，同比分别增长87.9%、77.9%；进港44462标箱，货重22.1万吨，同比分别增长77.8%、78.5%。预计到2015年，湖州港集装箱通过能力将达到52万标箱，内河集装箱运输发展前景十分广阔。
2013年以来，湖州港内河集装箱运输呈快速发展态势。8月，湖州鑫达物流有限公司与上海汉升国际物流有限公司合作开展南浔～上海内贸集装箱经营业务；11月5日，长兴捷通物流有限公司开通了长兴至嘉兴港的内河集装箱航线；德清多功能港区于10月底正式开工建设，完工后将新增16万标箱的集装箱年通过能力；长兴综合物流园区码头作业区初设已经省发改委批准，施工图设计于12月通过审查，其建设规模包括2个500吨级多用途泊位，新增8万标箱的集装箱通过能力；11月19日，安吉川达物流公司与上海国际港务集团签约，共同投资建设安吉国际物流园区，计划新建多用途泊位10个，年设计通过能力达到80万标箱。