环评初步结论已出
5月初，北京市轨道交通门头沟磁悬浮S1线“环境影响评价”公示，并邀请公众参与。北京市有关部门表示，该线环评初步结论已出，S1线磁悬浮的电磁数据、声环境、环境震动等测试结果符合国家标准。
此前沿线小区居民担心电磁辐射、噪声影响，联名反对。沿线中国房子等小区居民，将意见反映给了多个相关部门。而磁悬浮的安全距离和电磁辐射对人体的具体影响目前并无定论。小区居民引用国外磁悬浮的设计距离说，“S1靠小区太近，会影响到居民健康。”
27日，得到北京市非紧急救助服务中心和政法民生热线(12345热线)回复。12345热线工作人员表示，门头沟线(S1线)已通过相关权威机构和环境评价单位评估，初步结论是，S1线磁悬浮的电磁数据、声环境、环境震动等测试结果符合国家相关执行标准。
该热线的工作人员提供的《北京市基础设施投资有限公司对于S1线磁悬浮列车有关问题的回复》显示，S1线磁悬浮项目属于市政府投资项目，处于前期工作研究阶段。根据相关权威机构和环境评价单位对磁悬浮列车初步研究结论，其测试电磁数据，符合国际国家相关执行评价标准的要求，声环境、环境震动等，也满足国家环境保护相关标准的要求。
二次环评将公示辐射问题
对此，中国铁道科学研究院负责S1线环评工作人员表示，S1线的第一次环评公示结果尚未确定，由于线路设计可能要更改，环评结果公示时间暂无定论。S1线环评公示以来，每天都接到大量居民咨询电话，其中不乏反对意见。
对于居民担心的电磁辐射等问题，环评部门表示，已经到沿线小区进行走访调查，具体结论会在第二次环评公示时给出。
列车磁场与剃须刀相当
针对电磁辐射问题，北京控股磁悬浮技术发展有限公司(以下简称北控磁浮)曾公开表示，磁浮列车内的磁场仅相当于吹风机、剃须刀等家用电器产生的磁场，甚至更低。
09年，中科院电工所生物电磁学实验室研究员曾对中低速磁悬浮唐山试验线进行了检测。检测报告显示，中低速磁悬浮运行中的电磁辐射低于国际非电离辐射防护委员会的安全标准，磁悬浮列车的电磁辐射强度与一般轮轨列车没有差别。
此外北控磁浮公司指出，中低速磁悬浮与地铁、轻轨相比，具有明显优势。
北控磁浮公司有关负责人表示， “中低速磁悬浮列车的每公里造价约4亿元，略高于轻轨，但低于地铁。”地铁的造价一般多在6亿元至8亿元。而且，中低速磁浮列车的线路适应性很强，转弯半径比轻轨小且爬坡能力比轻轨强。
由于磁浮列车的车体与轨道不接触，因此在距离轨道10米处的噪音仅有64分贝，北控磁浮董事长刘志明此前表示，“不仅低于轻轨的92分贝，而且还没有一般人说话的分贝高。”
磁悬浮辐射不容忽视
作为旗帜鲜明的反对者，中国工程院院士王梦恕将磁悬浮列车比作“城市玩具”，甚至在2008年曾专门撰文反对磁悬浮项目。
王梦恕认为，磁悬浮技术与我国现有轮轨技术不能兼容成网。建造成本与轮轨相比，高出一倍以上，而运营成本则要高出数倍。而且运输能力低，尤其运量的灵活性较差，早晚高峰适应能力差。在安全方面，磁悬浮列车没有轮子，如果突然停电，靠滑动磨擦很容易造成事故。
对于辐射，S1线距居民区太近，对居民的影响不能忽视。王梦恕的观点则是，中低速磁悬浮的电磁辐射对人体有害，长期作用会引起多种疾病。
面对争议，曾有专家提议，让磁悬浮列车改走地下，这随即又遭批驳，技术分析人士指出，磁悬浮入地，车厢前面的空气压力更大，阻力也大，速度优势难以体现。同时，用于散热的风力将减少，线圈发热容易造成事故。
门头沟S1线
S1线 即门头沟线。该线将分两期建设。分别为石门营-苹果园站 和 苹果园站-慈寿寺站。
西段工程即石门营-苹果园站，线路长10.165公里，全部为高架线，设站8座。计划2010年9月征地拆迁，2011年5月开工，2013年底通车试运营。
东段工程为苹果园站-慈寿寺站，线路长9.704公里，设站4座，包括高架站2座，地下站2座。计划2013年11月开工，2017年2月通车试运营。