4月28日中午，交通运输部召开紧急会议，商讨防御猪流感的工作部署，交通运输部刚刚成立的安监司将负责其职，具体工作细则将于近日出台。
自墨西哥爆发的猪流感疫情，在短短的几天内，已经在墨西哥、美国、新西兰、欧洲、中东等地区纷纷出现。4月28日，韩国政府确认，一名韩国人出现了疑似猪流感症状。
严防疫情输入，交通运输部、国家民航局、各大民航机场等相关交通运输部门的相关应急工作已经展开。这成为国家应急体系的重要组成部分。
中国民航总局也于4月28日傍晚发出紧急通知，要求业内相关单位迅速采取积极措施，严防猪流感疫情通过国际航班传入我国。
对疫情发生地区特别是墨西哥飞往中国的客机进行严格消毒，对客舱剩余餐食、生活垃圾和飞机厕所粪便进行专门处理成为必须措施。由疫区飞抵的国际航班必须安排在指定的远机位，并开辟专门的人员通道。
中国民航局宣传部部长钟宁向本报记者表示，目前阶段民航局的应急工作主要针对从墨西哥等疫区来华的飞机及乘客，对非疫区的乘客也会采取一定的防御措施。如果发生新的情况，民航局将会随时更新应急措施。
全国各地民航机场的应急防疫工作也已经启动。
民航局提供的信息显示，目前各大民航机场均表示，将最大力度配合检验检疫局工作，保证进出境人员的卫生检疫和消毒。同时，航空公司将进一步严格飞机以及机上用品的消毒和卫生工作。
目前尚无航空公司表示调整国际航班的配置。航空公司和机场方面建议旅客，尽可能在海外尤其是北美地区时保持自身的卫生和清洁，如有需要，尽量配合航班上相关工作人员的卫生检查和消毒工作。
上海浦东国际机场，因为即将迎接由疫区墨西哥飞来的国际航班而成为关注的重点。国家民航总局工作人员介绍，目前，我国内地航空公司没有飞往墨西哥的航班，只有墨西哥航空公司每周一、周五各有一个航班从墨西哥城经蒂华纳飞往上海。
自疫情发生后，中国民航局已要求上海浦东机场对墨西哥航空公司的飞机采取了紧急卫生防疫措施，包括对飞机进行严格消毒、划定专门的停机位、指定专门的人员通道，对提供服务的工作人员采取必要的防护措施等。
相关人士介绍，虽然直接由墨西哥飞往浦东机场的航班每周只有两班，但是来自美洲，包括墨西哥和美国的相当一部分旅客是经过日本中转到达上海的。作为亚太地区最大的国际客运市场，日本机场到目前为止，并没有限制疫区的航班入境。
相关人士表示，上海浦东机场已经启用红外线体温检测装置，对来自疫区的全部旅客进行检查，来自非疫区的旅客则实行抽检。
同时，北京首都国际机场也已于4月27日起，全部启用红外通道检查，要求所有国际航班旅客进港时测量体温。一些非典时期的应急预案也正在启动中，但大规模应用目前尚在等待有关部门统一安排。
对于猪流感疫情的防御工作已经引起了全球的航空公司和相关机构的注意。国际民航组织（ICAO）建议各国审查其航空交通的防备计划，并考虑如果状况扩大应该如何实施。
国际航协也建议各大航空公司审查突发公共卫生事件的防备计划。国际航协理事长乔瓦尼·比西尼亚尼表示：“安全一直以来都是我们的首要责任。国际航协正与世界卫生组织紧密合作，以确保在猪流感对航空运输业产生影响的时候做出有效的反应。”
针对目前的情况，国际航协向各大航空公司发布了一份《航空公司应急预案范本》。该范本建议，在应对公共卫生事件时，航空承运人应该与世界卫生组织紧密合作，并且成立专项的应急小组以及应急中心，以便对于世界卫生组织，各国公共卫生部门以及航空承运人本身所发出的安全预警做出及时的反应。
突然爆发的猪流感，将使已经受到金融危机的影响而面临亏损的运输行业面临更大的挑战。比西尼亚尼说，“虽然现在预测猪流感对行业的影响还言之过早。对航空公司来说，除了需要面对其他的经济问题，再也没有比这个时候更严重了。”