城市一卡通系统启动十余年来，各地区情况差别大，规模各不相同，存在众多现实问题。据千讯咨询发布的中国一卡通市场发展研究及投资前景报告分析，城市一卡通主要面临以下几大问题。
首先，资金不足。城市一卡通发展基本要靠政府财政补贴才能正常运转，而绝大部分的运营单位在启动公交电子收费系统时都存在一定资金压力。
其次，系统面临安全压力。随着技术的更新和破解成本的降低，城市一卡通破解风险将会越来越大。若不完成系统升级改造，城市一卡通系统的安全依旧面临巨大的安全威胁。
第三，系统设备老化。硬件上主要表现为：刷卡机老化，多票制刷卡容易出现问题；黑名单存储容量较小，不能满足新时期的应用；消费数据采集存在安全隐患。
第四，与企业合作问题。一些企业在完成城市系统搭建后不提供后期维护，或不开放源代码，造成系统受限于一家企业；还有一些企业没有考虑到南北地区的差异，在机具设计上存在着缺陷，造成后期维护上的困难。
第五，其他支付手段的竞争压力。手机移动支付的兴起，势必会对城市一卡通运营机构的发展造成影响，如何应对将是城市一卡通未来发展的关键。
最后，发展中面临机构调整。企业在发展中面临调整的情况经常出现，城市IC卡运营机构也同样如此。当前我国很多城市正在对IC卡运营机构进行合并重组或将其直接纳入政府管理体系，从而给予更多的政策和资金支持，使城市—卡通真正成为服务市民出行的有力交通工具。
相关研究报告：
一卡通项目可行性研究报告
中国一卡通行业发展研究报告
中国一卡通市场前景调查分析报告