基因芯片的应用领域非常广，而且需求较大。但是基因芯片作为高端技术产品，其使用价格相对比较昂贵，因此下游用户很可能因为价格的原因而放弃使用基因芯片技术。目前来看，基因芯片最主要的下游需求用户是医药生产企业和医疗机构，而医药医疗行业的发展会直接影响基因芯片行业的发展。
现在很多医药医疗机构都会投资基因芯片技术研发产品的项目，一旦医药医疗行业发展受到打击，则企业的收入就会受到较大打击，从而减少对新项目的投资或者就项目的持续投资，这就大大影响我基因芯片行业的发展。除了医药医疗行业以外，农业、司法、环境保护等行业的变动同样会给基因芯片行业带来一定的风险。
我国对生物产业的发展提供了非常好的产业政策环境，这对基因芯片行业的发展有着较大的推动作用。但是，由于我国基因芯片的技术成本较高，价格比较昂贵，我国为了推动基因芯片行业的发展，会对价格采取一些限制措施，这样会影响基因芯片生产企业的利润，同时会对基因芯片行业的发展带来了较大的风险。
千讯咨询发布的中国基因芯片市场前景调查分析报告显示，目前，我国国产基因芯片不足以满足国内的需求，因此有一部分是要依赖进口基因芯片。贸易政策的改变对我国基因芯片的进出口都有很大的影响，因此我国基因芯片行业面临着贸易政策所带来的风险。
我国基因芯片市场的区域特征比较明显，基因芯片在医疗水平以及消费水平相对较高的地区的市场规模较大。不同地区的经济政策有所不同，这就对我国基因芯片行业的发展带来的一定的差异风险，在面临不同经济政策时，我国基因芯片行业的发展也会有所不同，当区域差异过大时，对我国基因芯片行业的影响就会非常大。因此，我国基因芯片行业面临区域经济政策的风险。
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