相较于珠三角地区的省内治理而言，长三角地区“三省一市”的行政范围面临着较大的一体化发展阻力。地方政府间的竞争在一定程度上会加剧长三角区域分割，形成地方保护主义，使得地区间的发展金融利益诉求难以协调，而这种行政壁垒将导致长三角地区的环境保护与绿色转型发展面临三方面的严峻挑战。
据千讯咨询发布的的《中国金融市场前景调查分析报告》显示，跨区域金融行政格局引致的市场分割，在一定程度上降低资源配置效率，制约长三角高质量发展与绿色转型。目前长三角“三省一市”仍存在较为明显的市场分割现象，行政区经济存在的排外性使地区间形成了贸易壁垒和市场分割，并且导致该地区的市场环境建设较为分散，无法在商品、金融等方面形成统一市场。这不仅阻碍了地区间要素流动，降低了资源配置效率，还阻碍了污染排放权交易、碳排放交易等市场化工具对长三角地区企业节能减排激励效应的发挥，严重制约了长三角绿色转型发展。
跨区域行政格局下地方政府分区而治，长三角环境治理主要依赖当地政府主导。目前长三角一体化示范区的环境保护和绿色发展仍主要依赖“自上而下”的行政管理，但“自下而上”的市场管理手段运用极为有限。特别需要注意的是地方政府为了发展地方经济，或将出现以政府为主导的单一环境治理模式，其甚至会导致低效以及失效情况发生，也无法满足长三角地区环境治理的长期需求。