在新形势下深化农村改革，主线仍然是处理好农民和土地的关系。土地经营权入股发展农业产业化经营，是深化农村土地制度改革的一项重要举措，也是促进农业适度规模经营、实现小农户和现代农业发展有机衔接的重要途径。开展土地经营权入股发展农业产业化经营，在推进过程中应把握四个原则：一是落实“三权分置”，严守政策底线；二是遵循市场规律，发挥政府作用；三是因地制宜推进，循序渐进发展；四是强化风险管控，维护农民利益。
通过近几年的探索实践，千讯咨询发布的《中国土地市场前景调查分析报告》显示，土地经营权入股发展农业产业化经营试点在探索入股模式、风险防范、政策配套、产业扶贫等方面取得明显成效，形成了一些可复制、能推广的经验和举措，在指导意见中有具体体现。鼓励地方创新土地经营权入股的实现形式。采取列举法指明了创新方式，如农户的土地经营权可以依法直接对公司和农民专业合作社出资，还可以先出资设立农民专业合作社，再由农民专业合作社以土地经营权出资设立（入股）公司。
解决土地股份组织登记问题，为土地经营权入股的公司、农民专业合作社在工商登记注册层面进一步扫清了障碍。明确以土地经营权入股公司，注册资本实行认缴登记制，由申请人对入股的注册资本数额、合法性、真实性负责（法律法规规定实缴的，按照注册资本实缴登记的有关规定执行）；允许农民以土地经营权作价出资加入农民专业合作社，依法予以登记，由申请成员对土地经营权合法性负责。
将土地经营权入股发展农业产业化经营与脱贫攻坚结合起来。探索建立公司、农民专业合作社与农户特别是贫困户的紧密利益联结机制。重点任务提出探索风险防范措施。村民委员会或集体经济组织应对承包农户土地经营权入股进行书面备案，对公司、农民专业合作社使用承包地进行监督。探索“优先股”，让农民在让渡公司经营决策权的同时享有优先分红的权利；探索“先租后股”，让农民先出租土地，在公司、农民专业合作社具有稳定良好的经济效益之后再入股。发挥保险化解风险的作用，探索“入股履约保证保险”等多种土地经营权入股保险，为农民的“保底收益”和土地经营权回购提供保险保障；加强农业保险，增强公司、农民专业合作社抗风险能力。