尽管国土资源部曾明确提出，地方应适当减少节余指标流入地区新增建设用地安排，经营性用地尽量要求使用增减挂钩指标，以提高增减挂钩节余指标收益。但在一些落后省份，受限于用土地规模、市场价格等因素，流转并不活跃。在经济发展相对落后的当地，整理出来的用地指标在该省的流转价值远远低于沿海地区。
应当考虑扩大增减挂钩节余指标流转交易范围，一方面不局限于在特定地区用于扶贫开发，另一方面流转范围可以从省域扩大为全国。8月份，要建立城乡统一的建设用地市场，必须建立农村建设用地减少与城市建设用地增加的市场转换机制。通过市场交换和土地规划部门跨区域的调节，既使退出宅基地的农民获得财产性收入，千讯咨询发布的《中国土地市场前景调查分析报告》显示，又能满足城市新增建设用土地的需要，降低城市房地产价格。同时，应当建立全国统一的建设用地市场，把中部地区农民工退出的农村建设用地指标出售给沿海地区。
为了解决土地占好补劣和农产品运输成本的问题，应当以每亩土地标准的产量来确定土地当量，再乘以运输成本系数，然后进行交易。运用市场机制，总能找到补偿办法。从实践情况来看，省域内增减挂钩节余指标流转，在实际流转过程中的问题不大，但还需要从顶层设计上加以完善。同时，要严格监管土地整理过程，防止出现“假指标”，保证整理后的土地达到征地使用标准。在资金使用方面严格保证农民利益，采取农民自治的方式，把资金用好，切实促进农村发展。