由于原规委、国土两部门都有各自成型的处室系统，挂牌合并后，衔接调整工作正式开始，办公室、人事处等职能相近的公告管理处室将重新设置，人员也会重新分配。目前，原部门的相关处室工作人员，已经开始了融合衔接工作，调整后的空缺职位，将以内部消化为主。
目前，新机构的主要职责、内设机构、人员编制的三定方案正在制定中，重合的处室要精简，人员编制在满足工作的条件下会适当收回一些。原来规划部门负责的城市总体规划和国土部门负责的土地（土地项目可行性研究报告）利用总体规划在某种程度上不衔接、不协调，未来“两规合一”后，两个部门的事变成一个部门的事，也将节省协调成本。
未来建设工程项目需要办理的用地许可和规划许可将同步核发，节省成本，不过两个证是否要二合一，目前还在论证阶段。由于两个部门的职能是全部整合，因此，业务办理的渠道没有发生变化。居民房屋交易过程中办理的不动产权证，原来在各区国土部门办理，未来只是单位名称发生变化，办公地点、咨询电话等都不会发生改变。