（1）科技进步相对滞后于行业规模的扩大
酵母行业（中国酵母行业发展研究报告）的整体研发力量较为薄弱，较多的企业比较注重生产能力的提高，重视生产设备的改造，研发资金投入不够，科技投入不够，科研能力较低，技术创新能力较低，行业的整体技术水平同国际先进水平相比还存在一定的差距。
（2）行业标准不健全、酵母产品质量参差不齐
中国酵母工业起步迟、发展快，宏观调控手段和行业管理体系的建设滞后于行业发展的需要。活性干酵母行业产品标准体系不健全，例如面包酵母的行业标准还是1992年发布，1993年开始实施，由于标龄过长，其指标和分析方法都不能适应目前酵母市场发展的需要；高糖面包活性干酵母国内还缺乏行业标准。有的厂家把发酵活力一般的面包酵母产品包装成高糖活性干酵母出售；有的厂家把明明耐酒精能力一般、不耐高温的酒用活性干酵母也标榜为耐高温产品。
（3）市场秩序混乱
由于产品（尤其家用小包装酵母和低糖面包酵母）的同质化程度高，各活性干酵母厂家之间常常开展各类非理性竞争，打价格战、低价格竞争，终端促销过于泛滥，结果是多败俱伤，酵母厂家、经销商的利润逐渐变低。有些活性干酵母厂家对市场、经销商缺乏有效的管理，导致产品跨地区窜货、低价倾销屡屡发生。
（4）假冒伪劣猖獗
一些不法厂家和个人为谋取非法利益，通过多种方式和渠道买散装酵母来分装，从注册商标到外观设计上大肆假冒市场上的畅销品牌酵母。这些伪劣酵母往往发酵力低、含杂质多、不符合卫生要求、计量方面缺斤少两、标识方面没有标明生产日期。
（5）污染问题严重
酵母工业迅速发展的同时，酵母工业废水的排放量也相应增加，酵母的生产对环境的污染程度比较严重，每生产1t酵母的同时大约产生150t左右的废水。一些酵母厂家对所排出的废水没有采取任何工业化处理，已引起了社会的关注，在有些市、县污染问题已成为制约酵母企业发展的瓶颈。