但是中国的腐植酸行业（中国腐植酸市场前景调查分析报告）仍然存在着一些问题，主要表现在：
1）生产规模小
就规模而言，绝大多数都是小规模经营。以腐植酸类产品应用最广的腐植酸废料为例，就加工技术而言，将腐植酸原料煤直接与无机等其它养分物理掺混的情况不在少数，其产品中几乎测不出水溶。在煤炭中，除了煤化程度低、生物活性高的泥炭可以采用直接加人方式生产复混合肥外，褐煤、风化煤在未经任何预处理的情况下，直接加人是不可取的。这也是导致腐植酸复混合肥良萎不齐的一个重要原因。这些劣质品流人市场一方面伤了农民的心，损害了农民利益，另一方面也损害了腐植酸的形象。
2）技术相对落后
虽然我国的腐植酸行业呈现了良好的局面，我国腐植酸产品不论是品种、产量、产品质量还是加工技术等都有了新的进展。但是我国腐植酸行业仍存在着各企业技术力量薄弱，开发和应用研究不够的问题。
从总体来看，我国腐植酸在生产规模、产量、品种、质量、产品科技含量、生产工艺、企业素质等诸多方面还远远不能满足生态绿色农业发展的需求。如HA类肥料在整个复混合肥市场中所占份额还很小，整个的开发利用水平与我国丰富的资源相比还远不相称。
3）质量不稳定
我国腐植酸产品良莠不齐，存在一些企业在利益驱动下盲目投产的现象。腐植酸企业从全国来看，大部分是小企业，普遍存在技术设备简陋，机械化程度不高的问题，有的甚至还是“作坊”式的生产。技术力量不足，职工素质差，企业管理水平不高，因此造成产品质量不够稳定，能耗物耗高、效率低、浪费大，这也是腐植酸企业急待解决的问题。
4）腐植酸所具有的奇特功效，其机理还不甚了解
腐植酸是一类天然有机弱酸，由黄腐酸、棕腐酸、黑腐酸3个组分组成。目前，其分子结构构象还很难用同一模式来描述。对于腐植酸的作用，应理解为为综合效应，避免用纯化合物观点来认识腐植酸。
腐植酸的应用范围广泛，虽然目前我们对腐植酸的功能已经有了一定的了解，但是还有待进一步研究，以期提高腐植酸更广的应用空间和应用价值。
5）腐植酸行业标准化水平低
总体来看，腐植酸行业标准化现状存在三大问题：一是标准化工作滞后，跟不上腐植酸产业发展的需要，如复混肥、生物(化)黄腐酸类产品等的产品标准亟待制定；二是跨行业所导致的一系列矛盾长期得不到解决，以致一些标准的制定走偏或不能进入程序；三是腐植酸企业标准化意识淡薄，缺乏长远眼光，不肯在标准化方面投入，特别是对标准与知识产权相结合的发展趋势缺乏意识。