目前，我国能源体制主要存在如下问题：政府职能分散、行业分割、自成体系、彼此孤立、相互排斥，行业内部高度集中缺乏市场机制和发展动力。信息资源分散，缺乏科学准确统计，政府决策缺乏依据，应急反应缺乏数据支持。大型企业自立门户，政府监管的权威受到挑战。
尽管成立了国家能源局和国家能源委员会，但以往长期存在的能源体制分散化管理问题依然十分突出，一系列矛盾依然没有解决，因此有必要对能源体制进行深入改革。
目前，我国能源管理的主要弊端是多头分散管理，缺乏集中的、统一的、协调的能源管理体制，能源勘探、开发、生产、运输、销售等环节分散在政府部门，缺乏集中统一的协调和管理。
能源产业是一个有机体，各种能源是这个有机体的组成部分，特别是在我国一次能源与二次能源关系中，煤炭与电力之间的关系非常紧密。由于缺乏统一和协调部门，能源产业内部存在垄断与竞争并存格局，内部设置壁垒，彼此进入困难，利益分配不公，产业结构调整和跨行业兼并重组困难重重，国际竞争力难以提高。
例如，国家将一次能源中的煤炭行业定性为竞争性行业，而二次能源中的电力行业实际上是垄断行业，导致煤炭行业竞争与电力行业垄断的局面，不利于能源上下游产业链的公平竞争，不利于能源产业重组和集团化发展，更不利于能源产业的国际竞争。由于国家能源管理趋于弱化和分散，全面统一的能源统计体系很难建立起来，能源统计指标体系也不完善，以至于难以进行完整、准确的能源生产和消费等环节的数据统计工作，能源信息、数据的可获得性大大减小，可靠性也大大下降。
在煤炭行业，国家应该继续推动完全市场化改革，对煤炭企业继续进行战略重组，彻底放开煤炭价格，建立完善的煤炭市场体系和机制，鼓励市场竞争。
在油气行业，继续推动市场化改革，持续进行石油价格和天然气价格改革，加快市场主体进一步扩大进程，制定更加完善的油气市场准入制度，按照上下游各个环节区别对待原则，完善相关市场准入政策。对油气上游实行适度集中，而下游充分竞争，允许符合条件的民营企业和外资企业进入各个产业环节。
从国家能源安全和经济可持续发展的长远需要来看，我国应建立集中统一的能源管理体制，建立能源管理机构和能源监管机构。在能源产业领域建立有效的政府监管体制，其目的主要是为了防止不正当竞争，解决市场失灵问题，保护消费者利益，维护市场公平环境。政府政策制定职能与政府监管职能分离，这是国外尤其是发达国家通行做法。能源管理机构负责能源战略与法规的制定等，而能源监管机构是依据相应法律和规定制定详细的监管条例，来维护市场秩序。