昆明市人均水资源量1065立方米，是全省的27%，全国的57.3%，低于人均1700立方米的国际警戒线要求，属严重缺水地区。而我市农业90%以上是靠天吃饭的弱势产业，由于水资源总量不足，时空分布不均，并随着工业化、城市化进程的加快以及生态化城市的建设，总用水量需求增加，农业用水将更为紧缺。因此，建立与完善适合我市市情的现代节水农业体系，对缓解我市水资源短缺，摆脱农业用水危机，保障粮食安全和生态安全，推动昆明经济社会可持续发展具有重要的战略意义。
当前，昆明发展节水农业面临的问题主要是：
一是缺乏节水农业发展规划，农业用水浪费现象严重。我市发展节水农业发展仍带有一定的盲目性，如在适合发展雨养农业的地方，却投入大量资金建设节水灌溉工程。而同时，农业用水浪费现象严重，农田灌溉用水效率不高，对自然降水的利用率低。指导农业节水的政策法规不健全，目前我市尚无有关农业节约用水的管理办法。
二是对节水农业认识不足。认为节水农业就是节水灌溉农业。而实际上，节水农业既包含了节水灌溉，还包括了农学范畴和农业管理范畴的节水，是水、土、作物资源综合开发利用的系统工程。涉及到调整农业结构、作物结构，改进作物布局，用水水费政策，配水的控制与调节，灌溉工程的节水措施和节水灌溉技术等方面的内容。
三是水利设施投入严重不足。长期以来，国家和各级政府对农业节水建设投入严重不足。已建成的水利设施容量有限，远远不能适应现代节水农业的发展，同时，病险水库多，水利设施老化，农业水利设施不配套，农田水利建设的区域性相互沟通能力差，远不能适应昆明水资源的空间分布不均的自然环境。
四是节水农业技术创新和推广力度不够，对采用综合技术发挥整体效益重视不够。农业节水技术研究工作滞后，现有的节水技术由于成本高，多适用于高价值的园艺作物和经济作物，适用于大面积推广的节水技术严重短缺。而且往往只注意单项的工程技术，而没有形成综合技术，造成虽节水但产生效益不高。
五是农业水利工程市场化、产业化发展存在较大难度。昆明市农业生产比较效益相对较低，当前经济发展水平下，农田水利工程还很难完全市场化，节水农业也很难实现产业化发展，市场机制在水资源配置中尚未发挥应有的作用。