目前，辣椒产业已成为我国规模较大的蔬菜产业。伴随着食品工业的不断发展，为辣椒规模化生产提供了物质基础。千讯咨询发布的中国辣椒市场前景调查分析报告显示，再加上辣椒产量高、市场需求大，多地辣椒加工业也都如火如荼的发展起来，目前我国辣椒加工工业存在的问题有：
（1）全自动化生产程度低
我国辣椒加工企业多达上千家，辣椒加工制品产地主要集中在贵州、湖南、陕西、北方地区等。目前，部分辣椒加工企业已将先进的加工设备以及高新技术投入到生产过程中，大大节省人力、物力，取得良好的收入效益。如吉林省金塔实业（集团）股份有限公司引进日本全自动包装机器，实现包装过程机械化；重庆多家企业引进全自动化的万吨级的辣椒加工生产线，实现辣椒食品加工连续化、自动化生产。但我国大多数辣椒加工企业的生产都处于较为落后和原始状态，如较为有名的辣椒食品加工企业"辣妹子"、"华越老干妈"等，生产处于多数环节都以手工操作为主的状态。机械化利用率低、高新技术应用匮乏、全自动化生产未得到全面应用，使得辣椒加工始终停留在传统产品阶段，很难拓宽产品种类，提升产品质量，更无法进军国内高端市场及国际市场。
（2）辣椒原料非本地化
长江以南是辣椒加工企业集中的地方，但南方多地处丘陵和山区地带，人多地少，限制了辣椒的规模化种植。另外，南方高温、多雨、寡照的气候条件使得辣椒原料不仅营养物质和次生代谢物质积累得少，风味差，而且农残超标，产品很难达到绿色食品的标准。因此，尽管南方建立了一定规模的生产基地，但辣椒原料无法满足生产的需要，不得不从陕西、河北、东北、华北等地调集原料。在产地进行初级处理、腌制或干制，然后再运回公司进行加工与包装等处理。
（3）多数加工产品以传统形势为主
辣椒加工品多以剁辣椒、辣椒酱、干辣椒、油炸辣椒等传统形式为主，存在产品精加工程度低、营养成分和卫生条件经不起推敲、科技含量不足等问题。在国内外市场，辣椒加工品都以不破坏辣椒营养、口味等为主要发展方向。从目前国内辣椒加工企业的现状来看，要想进军国内高端市场和国际市场，就必须从原料质量、加工技术、产品类型、营销手段等多方位进行调整和优化，不然就无法脱离辣椒加工企业只能以传统产品的形式满足大众消费的现状。
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