低聚糖行业的上游主要是原料供应行业，包括白糖、甘蔗、玉米、玉米淀粉、蔗糖等，上游行业受气候、国家政策的影响较大，供求变化和价格可能出现大幅波动；如果主要原材料价格上涨会导致产品成本大幅增加，而产品销售价格的调整相对滞后，会导致产品毛利率下降，直接行业内公司经营利润，因此低聚糖行业存在上游原料上涨的风险。
千讯咨询发布的中国低聚糖市场前景调查分析报告显示，低聚糖下游行业为应用领域，包括功能食品、饮料、乳制品、营养保健品等，目前下游行业中如饮料、乳制品等众多下游产业均趋向于形成寡头垄断的竞争格局，下游企业规模较大，任何一个大型下游企业的需求变化都将对行业市场销量造成急剧变化，因此低聚糖的下游存在需求变化导致需求不足的风险。行业内生产企业应加强高端产品市场拓展力度与终端品市场的开拓，全方位降低和分散下游风险。
低聚糖产品具有低碳、绿色、环保、健康的优势，符合国家产业政策和环保政策，得到国家大力政策扶持的新兴产业和高新技术产业，因此行业并不存在政策风险。
国际低聚糖行业市场化品种20多种，正在研发的品种有近百种。我国低聚糖行业发展起步晚，仍处于行业初步发展阶段，行业产品以低聚麦芽糖、低聚异麦芽糖、低聚果糖、低聚半乳糖、低聚木糖为主，并已经形成了各细分领域龙头企业。未来随着行业的发挥，我国低聚糖品种将逐渐丰富，产品市场应用领域将再次细分，市场竞争格局将有所改变，行业面临着供需改变的风险。
玉米、玉米芯（粉）、甘蔗等为低聚糖的基础原材料，低聚糖价格受原料成本价格有所波动。而玉米、甘蔗等农作物会因气候、种植面积、国际市场行情、燃料乙醇行业发展、国际油价等复杂因素而发生价格变化，均会对低聚糖的盈利能力产生不同程度的影响。因此低聚糖行业生产企业要时刻关注原料市场及关联行业变化情况，积极应对市场风险。
由于国家对战略新兴产业的政策鼓励和健康消费市场的不断扩大，也导致部分企业加入到低聚糖行业中来，包括国外部分同业加入的可能。如果行业内企业不能有效地把握和掌控低聚糖市场，并持续地开拓新的产品应用领域，可能出现被同行争抢市场份额和客户的风险。
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