针对恒天然肉毒杆菌事件，8月8日恒天然董事会启动独立调查。至今已过去两个月的时间，10月29日，恒天然公布了独立调查报告。
独立调查报告指出，在此次浓缩乳清蛋白事件中，恒天然方面共犯了10个主要错误。一、恒天然没有在浓缩乳清蛋白产品的生产中做任何梭菌属微生物检测，尽管按照与至少一位重要客户的合同，恒天然接受对使用浓缩乳清蛋白制作下游产品提供梭菌属微生物检测。二、在豪塔普对相关浓缩乳清产品进行再加工的准备工作时出现一些判断错误。三、恒天然加工厂标准的预设制自动清洗程序需要改进。四、对委托农业研究院检测肉毒杆菌的关键决策缺少足够的高层监管。五、对肉毒杆菌检测的委托、设计和限定不充分。六、恒天然不能快速准确地追溯涉事浓缩乳清蛋白产品的流向。七 没能及早察觉（且延误上报到高级管理层和董事会）对企业声誉会产生爆炸性影响的风险- 未能看清肉毒杆菌、婴幼儿产品（婴幼儿产品项目可行性研究报告）、消费者的敏感度以及恒天然全球声誉四者之间的联系。八、恒天然的危机管理方案（包括对外传播）对此类型、此规模的危机显得捉襟见肘。九、在危机初发的关键时期，恒天然危机管理（包括对外传播）执行不力。十、在对潜在污染的担心上报新西兰政府并公之于众之后两星期的关键时期内，恒天然与新西兰政府在某种程度上缺乏协同和互信。
董事会表示指出，在此次调查结束后，恒天然方面不会采取“拉人下台”的做法，即开除相应员工或管理层。为避免类似事件重演，恒天然公司有必要采取一系列相应措施跟进浓缩乳清蛋白事件及其处理中的“出错”环节。