广州市质监局2013年第九批次生产领域食品质量监督抽查发现，南方航空控股子公司广州南联航空食品有限公司（简称“南联食品”）一款糕点被检出大肠菌群超标。
根据广州市质监局的公告，被检不合格的糕点商标为椰丝巧克力方戟，规格型号为45克/个，标称生产日期为2013年7月16日，标称生产单位为广州南联航空食品有限公司，标称生产单位地址为广州市白云机场。这款产品的大肠菌群实测值为40，超过标准值（≤30）。
广州市质监局表示，大肠菌群是食品受污染的微生物指标。大肠菌群的来源与肠道致病菌相同，因此食品中大肠菌群含量越多，间接表示有肠道致病菌污染的可能性。
据悉，截至目前，南方航空未回应是否采购了广州南联航空食品有限公司相关批次不合格产品。