据数据显示，今年前5个月，上海三元营业收入达到2亿元，亏损872万元。而在2006年时，三元上海子公司三元全佳乳业就因亏损退出了市场。
三元方面表示，华东市场市场投入较大，成本费用高；市场竞争激烈，对手区域化优势明显，对其产品价格及销售量提升造成较大压力等是造成今年亏损的原因。7月24日，三元最终决定接手原本由经营团队持有的49%上海三元股权。届时，上海三元将变成全资子公司。
2009年，三元奶粉（奶粉项目可行性研究报告）在三聚氰胺危机中表现出色，先后接手了三鹿和太子奶资产，但5年来，它在北京以外市场的作为有限。据了解，一季度三元在北京及京外地区分别实现营业收入21.9亿和13.3亿，同比增长26%和3.8%。北京地区占比持续提升至近62%。这次在华东市场再次受挫，无疑让其全国化战略蒙上阴影。