2009年4月23日，上海市质量技术监督局在日常污染物监测中发现，上海熊猫乳品有限公司的产品中三聚氰胺超过国家标准，便立即责令企业停产整顿，封存了所有问题产品和原料，组织力量查清问题产品流向。通过多方努力，问题产品已被全面召回，没有造成社会影响。
2009年4月28日，因此案涉嫌犯罪，上海市质量技术监督局将案件移送上海公安机关。上海相关部门及时向国家主管部门进行了报告。4月29日，国家质检总局通报了上海相关部门的查处情况，随后在公开出版发行的《中华人民共和国国家质量监督检验检疫总局公报》刊登了《国家质量监督检验检疫总局关于上海质监局查处上海熊猫乳品有限公司违法生产伪劣乳制品情况的通报》，就此案的初步情况向社会进行了公告。
上海市政府新闻发言人表示，经查，由于上海熊猫乳品有限公司2008年9月16日已被注销出口注册证，其产品没有向国外销售。
针对近日部分媒体对“上海熊猫乳品有限公司涉嫌生产销售三聚氰胺超标乳制品”一案时隔多月再作公布提出的质疑，上海市政府新闻发言人11日表示，此案涉及跨省办案，案件调查持续时间较长，目前案件仍在相关司法程序中。
鉴于上海熊猫乳品有限公司的违法事实，上海质量技术监督部门和工商部门先后吊销了这家企业的卫生许可证、生产许可证和营业执照。公安机关已将相关犯罪嫌疑人移送检察机关起诉。由于此案涉及跨省办案，案件调查持续时间较长。2009年12月31日，上海有关部门根据案件查处的最新进展情况，向社会进行了通报。目前，此案仍在相关司法程序中。