据统计，2016年第一季度，秀屿港辖区木材（木材项目可行性研究报告）货物吞吐量达132681.6吨，同比增长100.3%。该处提前与货主、码头、代理等相关单位的沟通联系，及时掌握木材运输来源、运输需求和运输计划，做好通关申请提醒，优化进出港计划，同时发挥“电子口岸”作用。
该处按照“优先通航、优先靠泊、优先查验、优先检查”原则，积极与海关、国检、边检等口岸联检单位沟通协调，充分发挥口岸联席会议机制和口岸联检查验机制，保障木材运输船舶快进、快卸、快出，同时积极为船方提供各种安全信息服务。
在进出港现场监管中，借助CCTV、AIS、VHF、福建海事局综合执法系统等高科技和通过海上巡航等方式，对木材货轮进出港实施全方位动态安保管控，确保木材货轮进出港和装卸货“零待时”。