我国畜禽育种自主创新水平大幅提升。核心育种场良种登记、性能测定等基础性育种工作稳步推进，生猪、奶牛和肉牛等引进品种的本土化选育进程加快;通过引进消化吸收再创新，培育了135个畜禽新品种、配套系，其中国产高产蛋鸡（鸡蛋市场调查研究报告）市场占有率达40%以上，打破了对引进品种的依赖。作为国内最大的肉鸡和肉猪养殖企业，广东温氏集团每年在猪、鸡育种方面的投入达7000万元以上。温氏集团研究院院长吴珍芳说，公司拥有育种技术人员200多人，根据市场需求确定育种方向和制订育种目标。通过三级育种技术管理体系，开发了猪鸡饲料效率测定系统、育种数据管理系统，推进育种大数据的应用，在分子标记辅助选择、全基因选择等方面做到了国际先进水平。
“目前我国蛋鸡良种国产化比例达到50%，黄羽肉鸡完全国产化，占据我国肉鸡生产的近半壁江山，大型肉鸭基本国产，只有白羽肉鸡种源全部从国外引进。”畜禽育种国家工程实验室主任、中国农业大学教授杨宁认为，我国家禽产业的发展模式已经从数量型向质量效益型转变，盲目引种的时代已经结束，之后是家禽自主育种的战略机遇期。我国畜禽产品需求多元化，自主育种的优势是符合本国人民的喜好。杨宁说，以鸡蛋为例，美国鸡蛋95%为白色，5%为褐色，所以育种以白色为主、褐色为辅即可。而我国市场58%为褐壳鸡蛋，40%为粉壳鸡蛋，且粉壳蛋又分普通蛋和小蛋。不同类型的鸡蛋在国内均有市场。
畜禽种业产业规模从小变大，为畜牧业发展提供了支撑。但当前畜牧业正处于转型升级的关键时期，畜禽种业长期积累的矛盾也愈发凸显。王俊勋说，一是部分优良品种核心种源依赖进口。二是联合育种机制缺乏。三是种畜禽企业综合实力偏弱。畜禽种企的困难，一是不愿意育。畜禽良种繁育周期长、投入高，潜在市场风险较大，育种企业投资回报率低。如果培育新品种，周期会更长，投入更大。再加上畜禽育种本身种源容易被复制的特点，造成引种比育种经济上更划算，企业更愿意引种。二是没实力育。近年来，虽涌现了一些大型畜禽育种企业，但总体来看，我国的种畜禽企业在资金、技术、人才等核心竞争力上普遍还不强。以种猪场为例，目前我国种猪场基础母猪平均规模约350头，而发达国家基础母猪单品种就达400头。
联合育种还没有打通。浙江大学教授傅衍认为，我国的种猪企业有几千家且各自为战，国外的种猪公司却越来越少、越做越专。我国除了个别种猪企业开展了小范围的遗传交流，在核心育种场大范围开展种猪遗传交流的机制尚未建立。而没有遗传交流，就没法开展真正的联合育种。据国家种猪遗传评估中心测算，目前国内三个主要猪种，场间平均遗传关联率仅为0.2%，远低于联合育种3%的要求。此外，产学研结合不紧密。种畜禽企业技术人才水平参差不齐、队伍不稳定，良种繁育技术研发能力较弱，而科研单位与企业结合不够紧密，对种业发展的支撑不足，部分企业在育种方案制定实施等育种环节有一定的盲目性。
目前，我国共有各类种畜禽场数量13000多家、种公畜站近4000家，数量之多在国际上也是绝无仅有的，但总体上规模小、层次低，低水平重复建设多。一些地方种畜禽场重复建设现象突出，生产种畜禽产品无法满足市场需求，优良种畜禽缺口仍然很大。北京华都峪口禽业公司是世界三大蛋鸡育种公司之一，培育出了具有自主知识产权的京粉、京红蛋鸡配套系，打破了国外垄断。“公司原来同时饲养种鸡和商品蛋鸡，与农民是竞争关系。如今面对家庭养殖户低成本饲养蛋鸡的巨大冲击，退出蛋鸡饲养，进入种鸡、饲料和食品产业，和农民成为产业链上的合作伙伴。”公司蛋鸡研究院育种研发中心主任吴桂琴说，下一步将重点培育高产蛋鸡、特色蛋鸡。
农业部提出，要加快培育适应市场需求的畜禽新品种和配套体系，形成自主品牌，提升畜禽种业的核心竞争力。加强政策扶持，发挥财政资金的引导作用，通过金融、保险、土地等政策多渠道支持畜禽种业发展，调动种畜禽企业的积极性。坚持产学研相结合，激发种畜禽企业和科研机构活力，构建畜禽种业科技创新平台。专家建议可以从三方面加强种业政策创设：一是实施好优秀种猪补贴试点。在现代农业生产发展资金中，选择部分地区开展优秀种猪补贴试点。二是进一步加大对育种的支持力度。在畜禽良种工程等政策中，政策扶持向核心育种场、生产性能测定中心等适当倾斜，重点改善关键环节基础设施条件。三是创新支持方式。将畜禽种业纳入现代种业发展基金支持范围，探索采取股权投资等方式，重点支持育种基础好、创新能力强的种畜禽企业，培育大型畜禽种业集团。