有机农业理念是随着欧美发达国家石油农业带来的环境污染对人体健康影响日趋严重的背景下应运而生。有机农业于20世纪20年代起源于德国和瑞士，实践于美国。1940年美国的罗代尔（J. I. Rodale）在其私人农场进行了有机农业实践，并出版了《有机园艺》一书。有机农业直到20世纪60年代才引起一些发达国家的重视，开始鼓励农民由石油农业生产转向有机农业生产，有机农业的概念逐渐被广泛接受。
过去20年，大陆有机农业（农业项目可行性研究报告）由“萌芽起步”阶段发展到“初步发展”阶段，进入目前的规范快速发展阶段。
萌芽起步阶段（1989-1993年），中国有机农业的起步始于20世纪80年代末。1989年，多年积极从事生态农业和有机农业农业研究、实践和推广的国家环境保护局南京环境科学研究所农村生态研究室加入国际有机农业运动联盟（IFOAM），成为中国第一个IFOAM成员。
初步发展阶段（1994-2004年），1994年，南京环境科学研究所的农村生态研究室经国家环境保护局批准，改为“国家环境保护局有机食品发展中心”，后称为“国家环境保护总局有机食品发展中心”（Organic Food Development Center of SEPA，OFDC），负责开展有机农业的研究、宣传、培训和推广活动。之后，OFDC与世界各地的有机界同行建立了广泛的合作关系。这一阶段，大陆相继成立自己的有机认证机构，制定机构或部门推荐性行业标准，并开展相应的认证工作。
规范快速发展阶段（2005年至今），2005年1月19日，中国国家质检总局和国家标准化管理委员会共同发布中国有机产品国家标准GB/T19630《有机产品》，并于2005年4月1日正式实施，同时《有机产品认证管理办法》、《有机产品认证实施规则》相继施行，标志着大陆有机农业进入规范发展阶段。
国际有机产品需求持续增长推动大陆有机农产品市场的迅速发展，有机农业进入快速发展时期，品种结构趋向多元化，生产、出口和国内市场增长迅速。近几年，中国有机食品的年出口额和年出口量增长率在30%以上。