1）土壤环境质量应符合GB 15618中的二级标准。有机农业不使用化学肥料，避免了化学肥料带来的氮磷流失及因此而引起的地下水的污染。通过合理的有机耕作方式，有效防止了水土流失和土地沙化问题。通过秸秆还田和人畜粪便的综合利用，有效防止了农村废弃物的不合理利用带来的环境污染。
2）农田灌溉水环境质量标准应符合GB5084的规定。有机农业（农业项目可行性研究报告）标准中灌溉用水只需要达到最基本的农田灌溉水质标准即可，是由于水中的某些物质如凯氏氮含量高于农业生产时并没有不利的影响，相反而是在一定程度上有利于作物生长。检查员现场检查时对重金属污染等的要求方面，应根据农场耕作类别来评估农场用水水质的标准符合性。
3）环境空气质量应符合GB 3095中二级标准和GB9137的规定。如果农场的有机生产区域受到邻近的常规生产区域污染的影响，应在有机和常规生产区域之间设置缓冲带或物理障碍物。跟水一样，空气具有很强的流动性，有机农业基地周围的上风方向如有污染源，则有可能流动到有机生产区域内，因此通过利用缓冲带和提供天敌栖息地来形成一定的保护空间。