1）生产组织模式
一是企业带动模式。以“公司+农户”为主要形式的企业带动模式是目前大陆有机生产组织模式的主要类型，大量的事实证明，这是一种比较适合在中国发展的有机农业（农业项目可行性研究报告）生产模式。“公司+农户”的有机生产模式管理的难点是克服农户在有机生产中的机会主义倾向，在这种情况下，有机农产品生产过程就是农户自主组织生产的全过程，农户可能凭借生产过程中的信息不对称来追求个体利益的最大化。二是中介组织带动模式。合作社带动模式。合作社带动模式是在尊重农民土地承包权的前提下建立的以“土地入股、集约经营、农活包工、收益分红”为特征的股份制合作模式，可解决千家万户分散生产带来的标准难统一、质量难控制问题。专业协会带动模式。协会对外与龙头企业签订合同，对内向会员提供技术、物资、销售等全方位服务，并负责管理基地，实行统一供种、统一肥料、统一技术、统一销售，将企业、农技推广组织、村集体和农民密切联结在一起。三是企业自主发展模式。“公司+基地+农户”的企业自主发展模式的基本运作方式是由龙头企业和分散的农户签订合同，由公司为农户提供生产原料、技术服务和成品回购。采用这种模式可以节约公司的经营成本，提高农民的收入，调动农民的积极性，但是需要建立一个有效的质量控制与技术服务体系。四是科技带动模式。以“科研机构+基地+农户”方式建立的科技带动模式，是一种创新型的协作高效的社会化关系体，这种模式突出了科研机构的科技支撑作用，其职能基本包含了整个有机农业生产发展链：品种繁育、田间管理、示范、推广、宣传、培训、加工、销售及风险评估等产业完整体系。
2）认证管理体系
自2003年国务院颁布了《中华人民共和国认证认可条例》后，大陆有机农业认证认可活动进一步规范，加强了有机农业认证认可的组织管理。目前大陆有机农业的监督管理机构主要分为以下三个层次：一是中央机构——中国国家认证认可监督管理委员会。中国国家认证认可监督管理委员会（CNCA）由中国国务院设立，发行行政管理职能，统一管理、监督和综合协调全国有机产品认证认可工作的主管机构，隶属于中国国家质量监督检验检疫总局（AQSIQ）管理。二是认可机构——中国合格评定国家认可委员会。中国合格评定国家认可委员会（CNAS）是《中华人民共和国认证认可条例》的规定，由国家认证认可监督管理委员会批准设立并授权的国家认可机构，统一负责对认证机构的认可工作，是国际认可论坛（IAF）和太平洋认可合作组织（PAC）正式成员，并分别签署了IAF MLA（多边互认协议）和PAC MLA，其职能之一就是负责对有机认证机构进行评价认可。中国合格评定国家认可委员会的宗旨是推进有机认证机构按照相关的标准和规范等要求加强建设，促进其以公正的行为、科学手段、准确的结果有效地为社会提供服务。三是中国认证认可协会（CCAA）。中国认证认可协会（CCAA）是由认证认可行业的认可机构、认证机构、认证培训机构、认证咨询机构、实验室、检测机构和部分获得认证的组织等单位会员和个人会员组成的非营利性、全国性的行业组织。依法接受业务主管单位国家质量监督检验检疫总局、登记管理机关民政部的业务指导和监督管理。四是地方认证监督部门。为履行出入境检验检疫职能，国家质检总局在全国31个省（自治区、直辖市）共设有35个直属出入境检验检疫局，海陆空口岸和货物集散地设有近300个分支局和200多个办事处。为发行质量技术监督职责，全国共设有31个省（自治区、直辖市）质量技术监督局。
3）推广传播模式
按照有机农业推广体系主导机构的组织性质，有机农业推广模式可分为政府主导型、科研机构主导型、协会主导型和企业主导型四种类型。政府主导型是指以政府农业部门为基础的，以贯彻政府政策、实现农业综合发展为主要目标的农业推广模式；科研机构主导型是指以农业大学或农业科研机构设置的农业推广机构为主体的，面向农村、城镇居民的，以传递知识性技术为其主要目标的农业推广模式；协会主导型是指以协会组织为基础的，面向农业合作团体的，以传递操作性技术为其主要目标的推广模式；企业主导型是指以有机农业企业为主的，面向小型农户的，有机农业企业与农户之间达成包括生产技术指导、产品销售等等契约的推广模式[4]。这四种类型业推广体系在其组织形式、经费来源、服务提供和推广途径等方面都有明显的差异。