近年来，云南省花卉（花卉项目可行性研究报告）新品种研发滞后的“软肋”开始“硬起来”，已成为全国花卉新品种研发实力最强的省份。截至2013年，全省获得自主知识产权证书的花卉新品种已达107个，已通过新品种初审的花卉新品种达316个。
瞄准自主创新乏力，新品种研发滞后等产业“短板”，云南省及时将花卉产业壮大图强的着力点放在加快自主创新步伐、突出新品种研发、培育产业核心竞争力上，先后制定出台了鼓励自主创新，扶持企业、科研院所搞新品种研发的多项优惠政策。省花卉产业办公室每年安排300万元专项资金扶持新品种研发和技术创新，搭建平台支持服务新品种研发和生产、流通等产业环节的新技术推广。一批花卉企业纷纷转型升级，从种植花卉转向技术创新，培育花卉新品种，抢占产业链的高端。
目前，获得授权的花卉新品种占全国获认证的花卉新品种总数的85%，涵盖月季、康乃馨、百合、杜鹃、含笑、非洲菊、菊花等多个品种。云南地方特色花卉的选育在去年取得突破性进展，地方优良树种的培育与品种创新成绩显著，中科院昆明植物所、大理远益、绿大地股份有限公司等单位和企业成功培育了一批地方特色花卉新优品种，其中含笑属、山茶属和杜鹃属共19个新品种已获新品种授权。在新品种贮备方面，我省除常规鲜切花品种大量储备之外，还储备了绣球花、蜂蜡花、山茶花、国兰等品种，一跃成为拥有自主知识产权花卉新品种最多的省份。