9月17日，农业部发出紧急通知，要求各级农（渔）业部门高度重视今年第11号台风“凡亚比”防御工作，加强组织领导，全面安排部署，最大程度减轻台风带来的损失。
切实加强监测预警。加强与气象、水利等有关部门的联系，密切关注11号台风“凡亚比”发展动态，及时发布预警信息，加强应急值守，及时调度、汇总、上报灾情。渔业部门要及时通过各种渠道将台风信息通知到相关海域的作业渔船、养殖渔排和相关人员，确保信息畅通。
迅速落实防御措施。迅速启动相关应急预案，抓紧落实各项防灾减灾措施。督促相关海域作业渔船和养殖人员尽快回港或就近避风、避浪，及时加固沿海养殖鱼排，维护渔港设施和防潮堤坝，合理安排疏散港内避风船只；组织农民抓紧抢收已成熟的中稻和水果、蔬菜等作物，把双季晚稻作为防护重点，及时落实疏通沟渠、防洪排涝等防御措施；组织人员对大棚设施、畜禽场舍和农业机电设备进行全面检查加固，做好乡镇企业除险和应急准备工作；积极组织农垦企业、学校、医院等单位和职工做好相关防范工作，排除隐患。
狠抓灾后恢复生产。及时组织干部职工和技术人员深入灾区，指导农民搞好生产自救，努力减轻和弥补台风造成的损失。多方筹集资金，尽快修复损毁的农田、大棚、港口、堤坝、渔船、鱼塘等生产设施；抓紧组织排水降渍，加强双季晚稻等作物田间管理，促进受灾作物及早恢复正常生长；强化稻飞虱、稻纵卷叶螟等重大病虫害防控工作，切实减轻病虫危害；加大灾后动物疫病监测防控力度，确保灾后无大疫；大力组织农机投入抗灾救灾，尽快恢复生产能力；积极协调保险机构，尽快对参加保险的农户、渔民和农场办理定损、理赔事宜；搞好种子、化肥、农药、疫苗等生产资料的调剂工作，为灾区恢复农业生产提供物资保障。