我国农业的发展带动了有机肥料的使用，生物肥料应用数量随之逐年增加。2012年全国生物肥料用量近420万吨，同比增长19.7%。从商品有机肥料特别是精制有机肥料和生物肥料应用的作物来看，主要是蔬菜、果树等经济价值较高的作物;而有机无机复混肥料还有一部分应用到棉花、水稻等作物上。从商品有机肥料使用区域来看，主要集中在商品有机肥料资源丰富的地区和经济作物种植面积较大的区域。到2014年我国已经收集、保藏、鉴定的菌种库藏资源已超过25000余株位列世界第二各种功能特色菌株陆续应用;大量具有特殊功能的微生物制品、新型微生物肥料相继面世;我国微生物肥料产业发展迅速年产量突破1000万吨应用面积超过2亿亩中国特色的微生物产业基本形成。
根据千讯咨询发布的《中国生物肥行业发展趋势分析预测报告》显示，2009年中国生物肥产量290万吨左右，2010年中国生物肥产量330万吨左右，2011年中国生物肥产量370万吨左右，2012年中国生物肥产量420万吨左右，2013年中国生物肥产量460万吨左右。
千讯咨询高级分析师雷红生认为，生物有机肥是值得大力推广的肥料。生物有机肥是在有机原料充分发酵前后加入功能性有益微生物菌群生产而成。有益微生物菌能固氮、解磷、解钾，转化土壤中的营养物质为作物所用，源源不断给作物供应养分。其次，大量有益活性菌施用后迅速繁殖，有效抑制有害微生物的生长，同时产生多种酶，促进作物健壮生长，增强作物的抗逆和抗病虫害能力，减少农药施用量，缓解连作障碍。再者，大量有益活性菌直接参与土壤物质和能量转化、腐殖质形成和分解等过程，特别是活性菌在繁殖过程中产生大量的胞外多糖，对土壤团粒结构起到胶粘作用，有效改善土壤物理性状，增强土壤的透气、保水、保肥能力，防止土壤板结和酸化，培肥地力，提高肥料利用率，降低施肥成本，使土地实现良性循环。与传统农家肥不同，生物有机肥经过高温腐熟，不含有害病菌和虫卵，避免了农家肥易烧苗、气味臭、病虫害多等弊端。