农业部批准三种转基因大豆进口，引起国内质疑与争论，这三种转基因大豆分别为抗除草剂大豆CV127、抗虫大豆MON87701和抗虫耐除草剂大豆MON87701×MON89788。我国每年进口大豆占到国内需求的80%，其中在进口的大豆中，90%以上的进口转基因大豆是采用孟山都技术植出的转基因大豆。孟山都公司作为领先的转基因种子生产商，占据了多种农作物种子70%-100%的市场份额。
千讯行业研究行业分析师认为，尽管中国大豆产业在转基因大豆进口的攻势下令人担忧，但是国产非转基因大豆所特有天然特性逐步成为中国大豆产业重要的竞争优势，国产非转基因大豆崛起仍然充满希望。
中国虽然是全球最大的大豆消费市场，但大豆市场定价权掌握美国等国家手中。跨国资本不仅通过建立或收购中国榨油厂、豆产业加工厂，控制终端渠道，而且通过期货交易等方式，控制中国大豆。从种子、化肥、加工、运输、销售渠道以及金融等方式控制中国大豆行业整个产业链条，我国由大豆净出口国转变为净进口国，进口的转基因大豆占大豆需求的3/4。黑龙江作为国内出产大豆最大省份，其大豆产量占到中国大豆产量的40%，受进口转基因大豆的冲击，黑龙江大豆播种面积从最高峰2009年的7294万亩，降到了去年的3898万亩。
面对濒临崩溃的中国大豆产业，东北的地方政府和企业正为保护国产非转基因大豆进行各种努力与尝试。虽然中国豆协建立非转基因大豆核心保护区的建议得到农业部的否定，但在政府鼓励政策下，国内产业资本不断进入大豆深加工产业链。非转基因大豆仍在国际市场受到欢迎，我国出口的大豆蛋白占世界食品大豆蛋白50%的市场份额，纽崔莱成为中国大豆产业重要客户。
根据千讯咨询发布的《中国大豆市场前景调查分析报告》，国产非转基因大豆的崛起充满希望。为促进国产大豆产业发展，实行目标价格补贴政策虽然对稳定、保护种植起到积极作用，但并不是解决问题的根本方法。通过规模化生产，以龙头企业带动合作社及农户，延伸大豆产业链条，促进大豆深加工产品多样化，提高产品附加值，是打开市场规避国产大豆成本劣势的重要途径;其次，须建立我国自身特色、覆盖全国的中远期交易市场，以实现期货市场与和现货市场对接，贸易商、企业、农户在指定场所交易、交收，降低经营物流成本，减少贸易经费损耗。