深圳建设先行示范区意见的很多建议政策，其实是与整个大湾区、与香港的规划战略相配合的。相比世界其他主要湾区，以及内地其他城市群，粤港澳大湾区最大的分别在于一个湾区内有两种制度、三个关税区、三个货币体系、三个司法制度，这种体制框架下最大的挑战在于跨境要素流动和土地规则对接。
进一步深化前海深港现代服务业合作区改革开放，以制度创新为核心，不断提升对港澳开放水平。加快深港科技创新合作区建设，探索协同开发模式，创新科技管理机制，促进人员、资金、技术和信息等要素高效便捷流动。要素流动成本比较高是深港科创聚落生物蝶变的最大障碍，要在一国之本的前提下，善用两制之力，就必须实现规则衔接，将深港优势结合起来，方能建成国际一流科创聚落。他指出，实现规则衔接，要区分不同情况，分别实现规则的贯通、接通、变通。
对于营商环境等香港领先、能够复制的部分，深圳可以采用“拿来主义”。在接通方面，对于一时难以直接复制的规则，可以在大幅借鉴的基础上，加快制定与之接轨的制度规则体系，香港在知识产权立法领域、在专业服务领域都有优势。在变通方面，对于香港自由贸易港、独立关税区难以直接复制或接通的规则，要学习借鉴其先进理念和做法，尽量向其靠近。
深圳作为衔接一国两制最前沿的区域，国家这次赋予它一个重任就是，在一些要素的跨境流动和规则对接上，通过率先开放或率先突破的办法，解决一国两制下的衔接问题，从而为港澳创造更大的腹地，同时也为深圳扩大对外开放，提升管理水平。目前深港两地正积极推动发展落马洲河套地区为港深创新及科技园，千讯咨询发布的《中国土地市场前景调查分析报告》显示，预计2021年或之前完成首幅可供港深创科园公司作上盖发展的土地。